# Tell-Seq-bacteria

**Repository Path**: ust_cn/tell_bacteria

## Basic Information

- **Project Name**: Tell-Seq-bacteria
- **Description**: Tell-Seq QC and Assembly pipline
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: MIT
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2022-12-19
- **Last Updated**: 2024-06-04

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# Tell-Seq-bacteria

#### 介绍
Tell-Seq QC and Assembly pipline

#### 软件架构
本软件脚本整合了Tell-Seq对应的Tell-Read（v1.1）(下载链接：http://223.112.44.110:48080/s/CeH8WdcNpibx5eD ，安装说明：http://223.112.44.110:48080/s/5sj8edpCt7qDQTp )和Tell-Link(v1.1.1u4)(http://223.112.44.110:48080/s/R4ofMpzARJR55pN ，安装说明：http://223.112.44.110:48080/s/szHqP37QQSA7jPC )软件脚本。能比较方便的得到常见参数的结果。


#### 安装教程

1.  注意本软件脚本默认服务器上已经安装好Tell-Read和Tell-Link的docker镜像，并且账号有运行docker镜像的权限。服务器已经安装好bwa，samtools软件，并且在可执行路径下。
2.  解压压缩包，并编译cloud-spades软件
```
unzip tell_bacteria.zip
cd bin/spades-cloudspades-paper/assembler/
sh spades_compile.sh
```
3. 安装spades组装软件。

#### 使用说明

1.  运行脚本需要整备配置文件。fastq数据路径fq.list，参考基因组路径ref.list,不设置ref.list时Tell-Read按照无参方法运行，将没有SLF分子大小评估。可以设置脚本线程数，默认30线程。可以设置输出路径，默认路径为当前路径。
```
usage: Tell_bacteria_step1_qcassembly.py [-h] [-refls REFLS] [-c C] [-t T] [-ass ASS] [-cutoff CUTOFF] [-output OUTPUT] [--notrun] fqlist

Tell-Seq QC and Assembly pipline.
Version: 0.0.3
Author: Chen Yiwen
E-mail: ywchen@universalsequencing.com.cn

positional arguments:
  fqlist          raw fastq file list.
                  List format: SampleID \path\R1.fq     \path\R2.fq     \path\I1.fq

optional arguments:
  -h, --help      show this help message and exit
  -refls REFLS    reference list. If not set, running Tell-Read without references 
                  List format: SampleID \path\ref.fa
  -c C            number of CPU cores for every job [default: 12]
  -t T            number of parallel jobs [default: 5]
  -ass ASS        Assembly software. tellink, cloudspades, spadestellseqscaffolder, all [default: spadestellseqscaffolder ]
  -cutoff CUTOFF  spadestellseqscaffolder assembly contigs depth cut off [default: 5 ]
  -output OUTPUT  output result dir [default: pwd]
  --notrun        Run the script with one click or not [default: run]
```
2.  read的列表fq.list格式

```
Sample1     /your_data_path/Sample1_R1.fastq[.gz]    /your_data_path/Sample1_R2.fastq[.gz]    /your_data_path/Sample1_I1.fastq[.gz]
Sample2     /your_data_path/Sample2_R1.fastq[.gz]    /your_data_path/Sample2_R2.fastq[.gz]    /your_data_path/Sample2_I1.fastq[.gz]
...

```
第一列是样本ID，第二列是对应样本的read的R1，第三列是对应样本的read的R2，第四列是对应样本的read的I1。列表可以包含多个样本。

3.  参考基因组的列表ref.list格式
```
Sample1    /your_reference_path/reference1.fasta
Sample2    /your_reference_path/reference2.fasta
...
```

#### 结果说明
1. 00.Ref/
该文件是参考基因生成的用于Tell-Read评估SLF的输入文件。
2. 01.QC/Sample1/
该文件是Tell-Read对reads进行质控产生的文件。其中Full文件夹下的fastq文件为质控后的数据。
3. 02.Assembly/1.tell_link/Sample1
该文件是Tell-Link运行的结果。
4. 02.Assembly/2.cloud_spades/Sample1
该文件是cloud-spades的运行结果，scaffolds.fasta为原始结果。
5. 02.Assembly/3.spades_tellseqscaffolder/Sample1_result
该文件是spades加tellseqscaffolder组装的结果。

#### TODO
1. 基因组的基因预测
2. 基因功能注释